Vrhovni voditelj Trećega samostanskoga reda sv. Franje je generalni ministar. Generalno vijeće Reda čine generalni vikar i četiri generalna vijećnika. Uprava Reda, odnosno generalni ministar i članovi Generalnoga vijeća Reda, biraju se na generalnome kapitulu koji se sastaje svakih šest godina. Posljednji generalni kapitul održan je tijekom svibnja i lipnja 2025. godine.
fra Amando Trujillo Cano
Viceprovincija sv. Marije Guadalupske, Meksiko
Generalni vikar
fra Sean Sheridan
Provincija Presvetoga Srca Isusova, Sjedinjene Države
Generalni vijećnici
fra Zvonimir Brusač
Provincija sv. Jeronima, Hrvatska
fra Shibin Kurian Vallattuthundathil
Provincija sv. Ljudevita, Indija
fra Massimo Cucinotta
Provincija sv. Joakima i Ane, Italija-Sicilija
fra Sumedha Dissanayaka
Provincija Naše Gospe od Šri Lanke, Šri Lanka