Nastanak franjevaca trećoredaca u našim krajevima odvijao se, kao i u ostatku Europi, u uskoj povezanosti sa srednjovjekovnim pokorničkim pokretom ili, kako se često naziva, Redom pokornika. Srednjovjekovni dokumenti nam pokazuju široku prisutnost pokorničkoga pokreta u našim krajevima, posebno u priobalnim krajevima i otocima. Budući da su franjevci Manja braća bili prošireni širom hrvatskoga etničkoga prostora još u 13. st., može se pretpostaviti da se paralelno s njihovim širenjem odvijao proces nastanka franjevačkoga Trećega reda. Najstariji pisani podatci o njemu sežu u 1235. g. u Zadar. Također, vrlo rano nastaju i zajednice organiziranoga, redovničkoga života čiju povijest, u Dalmaciji, Istri i Kvarneru, možemo kontinuirano pratiti od druge polovice 14. st. Članovi tih zajednica, koje su u početku međusobno neovisne, polažu zavjete na ruke poglavara Manje braće, a žive najčešće u rubnim sredinama, izvan gradova, brinući se za niže slojeve društva. Od samih početaka u bogoslužju rabe hrvatskocrkvenoslavenski jezik i glagoljicu zbog čega su i danas poznati kao franjevci glagoljaši. Značajan događaj za našu povijest bio je ulazak u crkvenopravni posjed zadarskoga samostana sv. Ivana 1439. g., a kroz to stoljeće (15. st.) dolazi do međusobnoga povezivanja među trećoredskim zajednicama u Dalmaciji i Kvarneru. Papa Siksto IV. bulom Soliciti de vestra unione od 8. travnja 1473. g. službeno je priznao neovisnost franjevaca trećoredaca (iako je ona de facto već postojala). Nakon ponovnoga kratkoga gubitka samostalnosti pod nejasnim okolnostima krajem 15. st., zajednica (koja se već u prvoj polovici 16. st. u službenim dokumentima naziva Provincijom Dalmacije i Istre) doživjela je razdoblje velikoga uspona. Tada se protezala duž cijele obale od Kopra do Šibenika i brojila sljedeće samostane: Sv. Marija u Prvić Luci, Sv. Stjepan na Sustipancu kod Šibenika, Sv. Ivan kod Zadra, Sv. Pavao Pustinjak na Školjiću pokraj Preka, Sv. Mihovil na Zaglavu na Dugom otoku, Sv. Marija na Glavotoku, Sv. Marija Magdalena u Portu, Sv. Jeronim u Martinšćici, Sv. Marija u Bijaru kod Osora, Sv. Franjo u Rabu, Sv. Nikola u Porozini, Sv. Marija kod Vižinade i Sv. Grgur u Kopru. Prema dosadašnjim istraživanjima možemo sa sigurnošću govoriti o postojanju trećoredskih samostana i u drugim mjestima (kao npr. u Jajcu u Bosni). Područje rada franjevaca trećoredaca bilo je dosta široko: od eremita, preko pastoralnih radnika do kulturnih djelatnika. Od poznatijih fratara iz tog vremena treba spomenuti fra Mateja Bošnjaka Mastilića, glagoljaša i zaslužnoga provincijala; fra Stjepana Belića, prvoga predavača staroslavenskoga jezika; fra Šimuna Klimantovića, auktora nekoliko glagoljskih kodeksa; fra Marina Rabljanina, fratra na glasu svetosti i dr.
Godine 1601. poglavar talijanskih trećoredaca fra Giovanni Provenzano obavio je kanonski pohod dalmatinsko-istarske provincije i sazvao kapitul u samostanu na Rabu. Poslije pohoda podastro je papi Klementu VIII. izvješće o stanju trećoredaca u Dalmaciji, Istri i Kvarneru i predložio da ih sjedini s trećoredcima u Italiji u jedinstvenu zajednicu. Bulom Pro nostri pastoralis muneris od 2. rujna 1602. g. hrvatski trećoredci službeno su sjedinjeni s braćom u Italiji pod jednim generalnim ministrom. Treba, naime, spomenuti kako je Sveta Stolica i prije ove bule dalmatinsko-istarsku zajednicu smatrala de iure jedinstvenom s talijanskom, čije je konstitucije prihvatila, ali de facto je dalmatinski provincijal bio neovisan o talijanskim poglavarima. Od tada će mnogi fratri hrvatske provincije biti u upravi Reda, a dvojica će biti izabrana generalnim ministrima. Nakon sjedinjenja Provincija je nastavila rasti i razvijati se, djelujući bez posebnih poteškoća.
Svjetovne povijesno-političke okolnosti u kojima su živjeli i radili franjevci trećoredci bile su teške: s jedne strane franjevci trećoredci bili su oni koji su uvijek bili odani svome hrvatskome narodu, kojemu su vjerno služili kroz cijelu svoju povijest; s druge strane, djelovali su na području koje je bilo pod mletačkom upravom. Živeći tako stoljećima između Scile i Haribde, uvijek su uspijevali nekako pronaći srednji put, put koji im je i omogućio opstanak na ovim prostorima. U drugoj polovici 18. st. Mletačka Republika donijela je niz zakona koji su išli nauštrb redovnicima do te mjere da je 1767. g. zabranila tzv. prosjačkim redovima novačenje i premještanje braće, bez dozvole državnih vlasti. Zalaganjem fra Antuna Juranića zajednica je uspjela izbjeći mletačke restrikcije, a zahvaljujući njemu, određene olakšice dobili su i franjevci iz drugih zajednica. Godine 1805. g. poražena Austrija morala je skopiti tzv. Požunski mir s Francuskom i prepustiti joj naše primorske krajeve, koje je bila zadobila nekoliko godina prije raspadom Mletačke Republike. Dolaskom Francuza nastupilo je još jedno krizno razdoblje za sve redovničke zajednice, pa tako i zajednicu samostanskih franjevaca trećoredaca. Godine 1806. bili su prisiljeni napustiti istarske samostane, a u Zadru su istjerani iz drevnoga samostana sv. Ivana Krstitelja. S pravom su fratri strepili da će ista sudbina snaći i ostale samostane u Dalmaciji i Kvarneru. Svaki kontakt s upravom Reda bio je zabranjen, kapitul se nije mogao godinama sastati, a mnogi redovnici napustili su zajednicu. Zajednica je s vremenom spala na tridesetak redovnika i sedam samostana.
Godinama nakon ovih nemilih događaja Provincija je životarila i bila pred nestankom. Stanje se počelo mijenjati u drugoj polovici 19. st. Godine 1863. za provincijskoga ministra izabran je fra Josip Dujmović koji je preveo reformu redovničkoga života u zajednici i obnovio ju. Kao plod te obnove proizašla su dva novotvorena samostana: u Hercegnovom (1889. g.) i u Velome Lošinju (1894. g.). U 20. st Provincija je ušla obnovljena i osvježena.
Nakon tzv. Rapalskih ugovora iz 1920. g. dio trećoredskih samostana našao se na teritoriju koji je bio predan Italiji; među tim samostanima bio je i zadarski koji je bio sijelo Provincije. Novonastala situacija bila je poticaj da 1923. prvi franjevci trećoredci odu u kontinentalnu Hrvatsku, u Zagreb, i otvore samostan na Ksaveru. Sljedećih godina tu će se preseliti i Provincijalat kao i odgojne institucije. U razdoblju između dva svjetska rata otvorena su još dva samostana: u Splitu i u Ogulinu. U tom razdoblju naši redovnici započinju pastoralno djelovati u SAD-u gdje je 1939. g. osnovan i Komesarijat.
Drugi svjetski rat bio je jedna velika kušnja za cijelu Crkvu i sve redovničke zajednice, pa tako i malu zajednicu samostanskih trećoredaca u Hrvatskoj. Samostani franjevaca trećoredaca glagoljaša bili su podijeljeni na one koji se nalaze na teritoriju Nezavisne Države Hrvatske i one pod talijanskom vlašću. Situacija je bila takva da je generalni ministar morao imenovati posebnoga delegata za samostane pod talijanskom upravom. Ipak, zajednica je, zahvaljujući požrtvovnosti i staloženosti mnogih redovnika, uspjela prebroditi tu nametnutu podjelu i vratiti se u samostane iz kojih su fratri bili protjerani (Zadar). Poslijeratna stradanja koja su teško zahvatila Crkvu u Hrvata, nisu mimoišla trećoredce: mnogi redovnici bili su žrtve napada i terora. Tijekom rata i u poratnim godinama mučeničkom su smrću ubijena petorica fratara: fra Petar Turkalj, fra Josip Baričević, fra Augustin Šabalja, fra Gabrijel Badurina i fra Kazimir Tetkić.
U vremenima koja su uslijedila, razdoblje komunističke Jugoslavije i slobodne Hrvatske, zajednica se razvijala prema okolnostima u kojima je živjela. Ponajprije, usmjerenje zajednice sve više postaje pastoralno djelovanje na župama, koje je u prošlosti bilo iznimka te se osnivaju novi samostani i župe povezane s njima (Belišće, Rijeka); u tom duhu Provincija je otvorila i brojene misije u Njemačkoj u kojima je pastoralno djelovala među našim iseljenicima. Drugi vatikanski koncil stavio je pred sve redovničke zajednice izazov povratka na svoje izvore. Kao i u drugim zajednicama, postkoncilske godine bile su krizne godine: zajednica se tražila, eksperimentirala s novim idejama, istodobno doživjela procvat duhovnih zvanja (posebno nakon otvaranja sjemeništa u Odri 1968. g.), ali ubrzo i stagnaciju i sl. Uz sve nedaće, 20. st. bilo je stoljeće mnogih svijetlih likova u našoj zajednici kao što je fra Srećko Badurina, šibenski biskup; fra Marko Japundžić i fra Josip Leonard Tandarić, slavisti i glagoljaši; fra Stjepan Sorić, splitski župnik, umro na glasu svetosti i sl.
Franjevci trećoredci glagoljaši ostvaruju, dakle, kontinuitet od šest stoljeća postojanja organizirane redovničke institucije i još makar stoljeće više postojanja same zajednice. Možemo reći da su autohtona hrvatska zajednica, zajednica koja je nikla i razvijala se upravo na hrvatskome prostoru. Kroz povijesne mijene mijenjao se i sastav zajednice: tako su, od prvotnih srednjovjekovnih zajednica u kojima su živjeli redovnici s različitih prostora (Dalmacija, Kvarner, Istra, Lika, Bosna), zajednicu donedavno činili uglavnom redovnici iz Dalmacije i Kvarnera, da bi u najnovija vremena ona ponovno postala istinski hrvatska, s redovnicima iz svih krajeva hrvatskoga etničkoga prostora. Ljubomorno čuvajući glagoljaško bogoslužje, franjevci trećoredci glagoljaši su sačuvali hrvatski nacionalni identitet u priobalnim krajevima u teškim vremenima tuđinskih vlasti, ali i vjernost puka Katoličkoj crkvi. Skromni i jednostavni život fratara u malim, neuglednim samostanima, obilježen fizičkim radom i mnogobrojnim odricanjima, duboko su se usjekli u svijest običnoga puka, sve do danas.
